税務調査は一般的に2日間で行われます。事前に会社、顧問税理士、税務署職員と日程調整をします。一般的には10時頃から開始され、税務署の調査官は開始15分位前には到着します。以下は調査当日の流れを簡単に説明いたします。
10:00　税務調査官到着	会社の概要や固定資産の有無など、ここから調査は始まっています。
会社の概要説明	社長の方から会社の概要については説明していただきます。なにげない会話のようですがこの中から調査のポイントとなる糸口を調査官は見つけてきます。言葉選びは慎重に・・・
11:00　帳簿書類のチェック	帳簿書類のチェックに入りましたら基本的には社長等には本来の業務に戻っていただき、ここからは会計事務所と経理担当者が対応していきます。質疑等につきましては、なるべく会計事務所を間にして進めていきます。この段階で多いのは決算書上の数字についての根拠資料の提示を求められることが多いです。
12:00　昼食	昼食は用意する必要はありません。(税務署内の規程により必ず拒否しますので。)
13:00　帳簿書類のチェック	午前同様に帳簿書類のチェックが再開されます。
16:00　終了	調査官によっては17:00まで行われることもあります。最終日については調査官より調査結果の説明があります。
このような流れで2日間かけて行われ、一般的には売上、原価(仕入)、一般経費という流れで調査は進行します。税務調査を円滑に進めるためには会計事務所の立会いが必要不可欠であり、事前に打ち合わせ等も必要となってきます。日頃の成果が試されるとの解釈もできますが精神的にはきついです。